Der gläubige Familienvater Kurt Gerstein (Ulrich Tukur) ist als Leiter der Desinfektionsabteilung beim Hygiene-Institut der Waffen-SS für die Versorgung der Konzentrationslager mit dem Gas Zyklon B verantwortlich. Als er auf einer seiner Dienstreisen nach Polen in einem Lager Augenzeuge des Genozids wird, beschließt er, die Welt über die Nazi-Gräuel aufzuklären. Unter Einsatz seines eigenen Lebens versucht er verzweifelt mit Hilfe des Jesuitenpaters Riccardo (Mathieu Kassovitz) die Kirche über die Verbrechen der Nationalsozialisten zu informieren und sie zum Handeln zu bewegen.