Die Enthüllungen von Sarah McCall und die Ankunft des neuen Feindes verändern das Gleichgewicht der Kräfte in der Milchstraße endgültig. Auf der Nova-Station muss Isa Jansen alles tun, damit die Rebellen überleben können. Dazu gehört es, logistische Probleme zu bewältigen, Offizieren zur Seite zu stehen, die alles verloren haben und um die neue Verfassung der Solaren Republik zu kämpfen.
Gleichzeitig erreicht die HYPERION das andere Ende des TRION-Tunnels und begibt sich auf die Suche nach Antworten. In einer feindlichen Zukunft kämpft Commander Noriko Ishida für das Wohl ihrer Crew.