Tokyo im Jahr 2013. Das Babylon-Projekt im Land ist abgeschlossen. Während einer langen und harten Rezession sind die Labors ausgemustert oder entsorgt. Die erste Abteilung für Spezialvehikel ist schon längst aufgelöst. Die dritte Generation der SV2, die als technisch unfähig gilt, existiert nur aus dem Grund, das Wissen um die Bedienung der Labors zu erhalten. Doch plötzlich tauchen unberechenbare Terroristen auf, die den neuesten Kampfhubschrauber AH-88J2, den sogenannten „Gray Ghost“, in ihre Gewalt bringen. Voll ausgerüstet mit Maschinenkanone, Raketen und Hitzetarnung kann der Gray Ghost unentdeckt die Rainbow Bridge angreifen und 10 Millionen Bewohner der Hauptstadt als Geiseln nehmen. Um die Hauptstadt zurückzuerobern, kann die SV2 nur mit ihrem altgedienten Labor, dem AV 98-er INGRAM auffahren, der dem neuesten Kampfhubschrauber in allen Punkten unterlegen scheint. Kann die Patlabor Division die Terroristen aufhalten? Werden die Geiseln in der Hauptstadt befreit werden können? Der spannende Kampf des Polizeiroboters gegen den Terror fordert von allen Seiten das Äußerste…