Oberfiesling Shredder ist zurück. Diesmal hat er es auf das geheimnisvolle Ooze abgesehen. Die chemische Substanz verursacht monströse Mutationen. Shredder entführt den Wissenschaftler Jordon Perry und will mit seiner Hilfe eine unbesiegbare Armee erschaffen. Meister Splinter ruft die Turtles zusammen. Sie sollen den teuflischen Plan vereiteln. Dabei wird auch das Geheimnis um den Ursprung der Turtles gelüftet.