Reporterin April O'Neil wird von einem antiken Artefakt ins Japan der Samurai-Krieger teleportiert. Kurz entschlossen starten die Turtles eine Rettungsmission und folgen ihrer Freundin in die Vergangenheit. Sie haben lediglich 60 Stunden Zeit ihre Freundin zu finden. Scheitern die vier grünen Helden, bleibt ihnen der Weg zurück nach Hause für immer versperrt. Noch ahnen die Turtles nicht, dass sich April in den Händen des grausamen Fürsten Norinaga befindet.