Ein sprechender Rabe führt Krabat zu einer unheimlichen Mühle. Dort muss er als Zauberlehrling des großen Meisters schwer arbeiten und ist zusammen mit elf anderen dessen Gefangener. Als Krabat ein Mädchen kennenlernt, will sie ihm helfen und ihn erlösen. Doch dafür muss sie ein teufliches Spiel mit dem Meister wagen.

Krabat gilt als virtuos gestalteter Zeichentrickfilm nach dem weltbekannten Kinderbuch von Otfried Preußler, dessen komplizierte Handlung und düstere Grundstimmung für jüngere Kinder allerdings allzu anstrengend und erschrecken sind. In seinen 80 Minuten Laufzeit reduziert "Krabat - Der Lehrling des Zauberers" (so der Verleihtitel in der DDR) die Handlung des Buches (bzw. der zugrundeliegenden Sage) auf das Wesentliche: Der obdachlose Waisenjunge Krabat stößt auf seinen Wanderungen durch seine Heimat in der Lausitz auf eine Mühle, vor der er von den Einheimischen gewarnt wird. Aber der Herr der Mühle bietet ihm an, ihn als Lehrling einzustellen, und dafür gibt es – es ist gerade tiefer Winter – ein warmes Bett und stets genug zu essen.