Die „Soko Linz“ wird als Polizeikooperationszentrum geführt, das im Dreiländereck Österreich, Deutschland und Tschechien zum Einsatz kommt und auch personell auf die österreichisch-deutsche Freundschaft setzt. In grenzüberschreitenden Fällen ermitteln Chefinspektorin Johanna „Joe“ Haizinger sowie Kriminalhauptkommissar Ben Halberg von der aufstrebenden Linzer Technikbranche bis ins Obdachlosenmilieu, zwischen Zeugenschutzprogramm und Serienkillerfahndung.