Eine Welle des Verbrechens erschüttert New York City. Reporterin April O'Neil begibt sich auf die Suche nach den Drahtziehern und stößt auf die Ninja-Bande "Foot Clan". Niemand scheint in der Lage ihnen und ihrem mysteriösen Anführer Shredder die Stirn zu bieten - bis auf eine verschworene Truppe mutierter Schildkröten. Mit perfekter Ninjitsu-Kenntnissen und dem Beistand Meister Splinters - eine mutierte Ratte - nehmen sie den Kampf gegen die dunkle Bedrohung auf.